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植物硬組織切片番紅固綠染色 硬組織切片針對未經化學試劑軟化的硬組織，能很好地保留木質部結構和成分。番紅固綠染色能顯示植物木質部，其中韌皮部形成層等組織結構呈綠色，木質化木栓化的結構呈紅色。

番紅-固綠染色（軟骨）在涉及關節軟骨及軟骨下骨的形態學研究中，常需聯合使用多種染料以顯示其組織學結構。其中，起源于上世紀60年代的番紅O（safranin O）-固綠（fast green）染色因可以直觀反映關節軟骨、軟骨下骨和骨組織的結構而備受青睞。軟骨呈紅色，成骨呈綠色。

LFB染色又稱固藍染色（FAST BLUE），一般染腦、脊髓、外周神經。神經髓鞘呈亮藍色，背景無色至淺藍色，主要用來顯示神經髓鞘的形態結構及病理變化

尼氏染色 Franna Nissl （1860-1919） 1892年創立了Nissl染色法，以發現Nissl小體和Nissl變性而聞名它能夠清楚地顯示軟骨形態潮線等結構，觀察軟骨組織是否有損傷。能將組織內的肥大細胞清晰地顯示出來，便于觀察肥大細胞的數量分布變化情況及觀察肥大細胞是否有脫顆粒現象。

阿利新藍染色（AB染色），石蠟切片技術里用以區分羧基黏液還是硫酸化黏液物質，常用于黏液性上皮腫瘤的鑒別和證明腫瘤是否含有粘液物質;在骨組織中能有夠清晰的標記出軟骨。骨組織的軟骨和腸組織的酸性粘液呈藍色，細胞核呈紅色。（若不復染核固紅，則背景和細胞核均無色）

EVG染色 組織被含有三氯化鐵和碘的蘇木精染色再用過量的媒染劑三氯化鐵中斷組織與染料的結合，染料被分化液中的大量媒染劑吸引,使其從組織中清除。彈性纖維對鐵蘇木精具有較強的吸引力使染料能比其他組織保留更久而達到染色的效果。

瑞氏姬姆薩染色 用于生物染色劑，如原生質的染色，染色目的多為觀察凋亡細胞和血細胞，骨髓細胞以及受虐原蟲或幽門螺旋桿菌感染的胃腸肺肝脾等組織。實驗中多用于區分白細胞，并計數分析。

β-半乳糖甘酶染色 染色中以X-ga1（5-溴-4-氯-3-吲哚-β-D-半乳糖苷）為底物，在衰老特異性的β-半乳糖苷酶催化下，半乳糖苷鍵被水解生成深藍色產物，光學顯微鏡下很容易觀察到變成藍色的表達β-半乳糖苷酶的細胞或組織。